یکی از کارهای شگفت شیخ بهایی طومار تقسیم آب زاینده‌رود است. وی در عهد سلطنت شاه طهماسب صفوی، سندی تهیه کرد که به <طومار شیخ بهایی> معروف است، براساس این سند سال به ۳۶۰ روز، و برنامه استفاده از آب به دو فصل مشخص تقسیم شده است. طبق طومار شیخ بهایی فصل سیلابی، که ۱۹۵ روز بود، از اول آذر هر سال آغاز و تا ۱۵خرداد سال بعد ادامه داشت و فصل جریان عادی، که ۱۶۵روز بود، از ۱۶ خرداد تا اول آذر همان سال بود.

این چشمه جوشان و مارپیچ از زردکوه بختیاری تا مرداب گاوخونی را سیراب می‌سازد و در این راه هشتاد فرسنگی، همواره جیره بلوکات و مزارع مختلف را داده است. شیخ بهایی در پی پیدا کردن راه علاجی برای تقسیم عادلانه این آب، به تنظیم طومار تقسیم آب زاینده‌رود پرداخت و کل آن را به ۳۳ سهم و ۲۷۵ سهم جزئی‌تر تقسیم نمود و آن را با طراحی ۱۳ نهر توزیع نمود.‌استفاده و برداشت از آب زاینده‌رود در زمانی که استفاده زراعی ندارد، آزاد است؛ ولی در زمان نیاز و کم‌آبی، به صورت سهم‌بندی تقسیم می‌شود که اشتراک آن برای بلوک‌های ششگانه، به روش طومار شیخ بهایی، شامل ۳۳ سهم به شرح زیر است:‌

۱‌- بلوک لنجان: شش سهم؛۲ – بلوک النجان: چهار سهم؛۳ – بلوک ماربین: چهار سهم؛۴- بلوک جی: شش سهم؛۵ – بلوک کراج: سه سهم؛۶ – بلوک رودشین / برآن: ده سهم.

در طومار دیگری که به شیخ بهایی نسبت داده می‌شود، تقسیمات جزئی دیگری نیز وجود دارد؛ اما انتساب این طومار به شیخ بهایی، شاید صحیح نباشد؛ چون تقسیم‌نامه آب زاینده‌رود به فرمان شاه‌طهماسب صفوی است که سواد آن در مالیه اصفهان موجود و مربوط به سال ۹۲۳ هجری است، بنابراین طومار اخیر را به میرفضل‌الله شهرستانی نسبت می‌دهند که گویا فقط به تایید شیخ بهایی رسید و تغییراتی جزئی در آن انجام شد.‌